การเรียนการสอนดำเนินมาจนถึง พ.ศ. 2443 ท่านเจ้าคุณพระวินัยรักขิต (คง ปัญญาทีโป) เป็นเจ้าอาวาสวัดเขมาภิรตาราม ท่านมีความประสงค์จะส่งเสริมการศึกษาของกุลบุตรให้เจริญยิ่งขึ้น ประจวบกันเป็นรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ขยายการศึกษาออกไปยังหัวเมือง มีการตั้งโรงเรียนหลวงหรือโรงเรียนรัฐบาลในหัวเมืองหลายแห่ง โดยมีกรมศึกษาธิการในสมัยนั้นเป็นผู้ดำเนินการตามพระราชประสงค์ ท่านเจ้าคุณพระวินัยรักขิต เห็นว่ากุลบุตรที่นิยมศึกษาเข้าเรียนในโรงเรียนวัดเขมาภิรตารามมากขึ้นเรื่อยๆ ควรจะดำเนินการขอจัดตั้งโรงเรียนหลวงขึ้น จึงได้ติดต่อกรมศึกษาธิการให้ตั้งโรงเรียนหลวงขึ้นที่วัดเขมาภิรตาราม พ.ศ. 2450 กรมการศึกษาธิการอนุญาตให้ตั้งโรงเรียนหลวงขึ้นที่วัดเขมาภิรตาราม ให้ชื่อว่า "โรงเรียนวัดเขมาภิรตาราม" มีฆราวาสเข้ามาเป็นครูสอน เป็นโรงเรียนประเภทสหศึกษา (ในยุคเริ่มต้น) โดยมีท่านเจ้าคุณพระวินัยรักขิตอุปการะโรงเรียน

    ต่อมานักเรียนเพิ่มขึ้นทุกๆปีจนสถานที่เรียนไม่เพียงพอ ท่านเจ้าคุณพระวินัยรักขิตได้ขอพระบรมราชานุญาตขอใช้พระที่นั่งมูลมณเฑียร (เป็นองค์พระที่นั่งที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯให้รื้อถอนจากในพระบรมมหาราชวังมาสร้างไว้ที่วัดเขมาภิรตาราม เดิมใช้เป็นที่รับรองและประทับแรมสำหรับพระเถระผู้ใหญ่ที่เป็นพระราชวงค์ เมื่อเสด็จมาตรวจการคณะสงค์และตรวจการศึกษา) เป็นสถานที่เรียนและได้รับพระราชทานให้ใช้เป็นโรงเรียนได้ นับได้ว่าองค์พระที่นั่งมูลมณเฑียรเป็นอาคารเรียนหลังแรกของโรงเรียน พ.ศ. 2499 ฯพณฯท่าน จอมพล ป. พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรี ดำเนินการให้กระทรวง ศึกษาธิการจัดซื้อที่ดินเพื่อก่อสร้างโรงเรียนหลังใหม่ให้กว้างขว้างกว่าเดิม กระทรวงศึกษาธิการได้ติดต่อซื้อที่ดินส่วนหนึ่งของชาวบ้าน ทางทิศเหนือของวัดเขมาภิรตารามอีก 13 ไร่ 86 วา และรวมกับที่ดินของวัดอีก 3 ไร่ 1 งาน 80 ตารางวา รวมเป็นเนื้อที่ 16 ไร่ 2 งาน 66 ตารางวา ทำการปรับปรุงพื้นดินดำเนินการก่อสร้าง วางศิลาฤกษ์เมื่อวันที่ 12 มีนาคม 2496 โดยมี ฯพณฯท่าน พล.อ.มังกร พรหมโยธี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เป็นประธาน สร้างอาคาร ค.ส.ล.2 ชั้นแบบไทยจำนวน 22 ห้องเรียน (ปัจจุบัน คือ อาคาร 1) เปิดใช้เมื่อวันที่ 25 มิถุนายน 2497 ฯพณฯท่าน จอมพล ป. พิบูลสงคราม เป็นประธานพิธีเปิดใช้เป็นอาคารเรียนของโรงเรียนวัดเขมาภิรตาราม

    พ.ศ. 2513 โรงเรียนได้รับการอนุมัติให้สร้างอาคารเรียน 3 ชั้น อีก 1 หลังจำนวน 18 ห้องเรียนทางด้านทิศตะวันตก ดร.ก่อ สวัสดิพาณิชย์ อธิบดีกรมสามัญศึกษา ได้มาเป็นประธานพิธีเปิดเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2514 (ปัจจุบัน คือ อาคาร 2) พ.ศ. 2516 ได้งบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน 4 ชั้น 12 ห้องเพิ่มขึ้นอีก 1 หลัง (ปัจจุบัน คือ อาคาร 4) พ.ศ. 2523 โรงเรียนได้รับงบประมาณสร้างอาคารพิเศษ 1 หลัง (ปัจจุบัน คือ อาคาร 5)

1.เสริมสร้างผู้เรียนเป็นผู้มีคุณธรรมจริยธรรม และคุณลักษณะอันพึงประสงค์

2.พัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษาให้มีคุณภาพตามมาตรฐานวิชาชีพ

3.พัฒนาระบบบริหารจัดการที่มีส่วนร่วมให้การจัดการศึกษามีประสิทธิภาพ

1.สนับสนุนส่งเสริมสามัคคีระหว่างสมาชิก ครอบครัวของชมาชิกและนักเรียนโรงเรียนวัดเฃมาภรตารามปัจจุบัน

2.สนับสนุนส่งเสริมและรักษาไว้ซึ่งเกียรติศักดิ์ของสมาคม สถาบันการศึกษาและสมาชิก

3.สนับสนุนส่งเสริมการศึกษาของนักเรียนโรงเรียนวัดเฃมาภิรตาราม

4.ร่วมประกอบกิจกรรม อันเป็นสาธารณกุล และประโยชน์แก่สังคม

5.สนับสนุนส่งเสริมเผยแพร่เกียรติคุณและความเจริญของโรงเรียนวัดเฃมาภิรตาราม

6.ช่วนเหลือสวัสดิการของสมาชิกและครอบครัว

7.ส่งเสริมความรู้ การกีฬา การพลานามัย การพักผ่อนหย่อนใจ สำหรับสมาชิกและครอบครัว

8.ส่งเสริมงานวัฒนธรรม

เขมาภิรตารามนามกระเดื่อง

โลกลือเลื่องหนึ่งในด้านการศึกษา

เด่นความรู้ฟูเฟื่องเรื่องกีฬา

รู้รักษาหน้าที่มีวินัย

มารยาทดีมีน้ำจิต

ศิษย์เขมาสวนโสภาโรงเรียนงามล้ำสดใส

จอมพล ป.ศิษย์เก่าเราภูมิใจ

ผู้นำไทยเลื่องชื่อลือความดีหลวงปู่คงที่เคารพน้อมนบไหว้

แหล่งรวมใจร่มเย็นเป็นสุขศรี

คณาจารย์ล้วนเมตตาเปี่ยมปรานี

สามัคคีรู้เรียนเล่นเป็นนิรันดร์

สีน้ำเงินเหลืองแดงแจ้งประจักษ์

รั้วรวมรักแหล่งกลางศูนย์สร้างสรรค์ เสกเยาวชนล้นค่ามากอนันต์

คนกล่าวขวัญเขมาภิรตาราม

(ทั้งหมด ซ้ำ 2 ครั้ง)